Els Annals de l'Institut d'Estudis Empordanesos es publiquen des de l'any 1959 i recullen treballs de recerca inèdits, escrits preferentment en català, en el camp de les humanitats i de les ciències sobre temes relacionats amb l'Empordà.

Fins el volum 10, anys 1974-75, els Annals s'anomenaren Anales del Instituto de Estudios Ampurdaneses (ISSN-paper 1136-0364; ISSN-electronic 2014-8283)